Un avocatier adulte peut produire un million de fleurs en une saison, elles apparaissent en panicules de quelques douzaines à quelques centaines de fleurs aux extrémités des nombreuses branches de l'arbre. (Robinson and Savage 1926)

La floraison est relativement discrète et fait un demi pouce de largeur et de profondeur. Trois sépales et trois pétales verts quasi-identiques composent le périanthe. Un pistile unique a un seul ovaire simple, bulbeux et lisse ainsi qu'un style assez allongé qui se termine en un stigmate légèrement hypertrophié. Il y a neuf étamines insérées dans deux verticilles. Le verticille intérieur est composé de trois étamines et de trois staminodes proéminents, oranges qui produisent du nectar (étamines stériles ou avortées) ;il y a un staminode entre chaque étamine. En face de chaque étamine et staminode du verticille intérieur, on trouve une des six étamines du verticille extérieur. Il y a un nectaire orange, légèrement plus petit que le staminode, de chaque coté de l'étamine extérieure.

La fleur s'ouvre deux fois, deux jours d'affilée ou en deux étapes. Etape 1, le premier jour, les pétales se séparent et se tournent vers l'extérieur. Le stigmate est blanchâtre, frais et prêt à être pollénisé (Hodgson 1930), mais les étamines, pliées perpendiculairement au pistile, ne libèrent aucun pollen. Un peu de nectar apparaît sur les staminodes. Après quelques heures, la fleur se ferme.

Etape 2, le second jour, la fleur s'ouvre à nouveau. Cette fois-ci, le nectar sécrété par les six nectaires authentiques est beaucoup plus abondant que le nectar qui est apparu sur les staminodes. Le pistil est asséché et sombre et ne peut plus être pollinisé. Les étamines sont plus longues et plus grosses, les trois étamines internes dominent le stigmate mais lui tournent le dos. Les étamines externes sont à peu près à 45 degrés par rapport au style et lui font face, toutes les étamines (internes et externes ) libèrent des blocs collants de pollen. Chaque étamine a quatre sacs polliniques dont les valvules pivotent à leur sommet.

Quand la fleur se ferme le second jour, elle ne se réouvre jamais. On peut donc dire qu'elle est structurellement bisexuelle mais fonctionnellement unisexuelle. Cette dichogamie a d'abord été notée par Nirody (1922) et approfondie par Stout et Savage (1925), puis par Peterson (1955a, b, 1956).

Ce qui est inhabituel chez l'avocatier, c'est que dans le cas de certains cultivars l'étape 1 se déroule le matin du premier jour et l'étape 2 l'après-midi du second jour. Ces cultivars sont appelés « type A ». Pour d'autres cultivars, appelés « type B », l'étape 1 se déroule l'après-midi et l'étape 2 le matin suivant. Si des cultivars des deux types sont plantés dans le même verger, il devrait toujours y avoir du pollen à disposition pour les stigmates qui sont réceptifs (Stout 1932, Robinson 1930, 1933, Ward 1933, Bergh et Gustafson 1958, Bergh et Garber 1964). Au moins un cultivar, « Collinson », ne produit aucun pollen ;il est donc incapable de donner des fruits à moins que le pollen ne lui soit fourni par d'autres cultivars qui libèrent du pollen quand les stigmates du Collinson sont réceptifs (Anonyme 1930).

Si la température est trop basse, il peut arriver que certaines fleurs (celles du cultivar fuerte, par exemple) ne parviennent pas à s'ouvrir pendant la phase femelle, ce qui rend la production de fruits impossible. D'un autre coté, un temps chaud et une faible humidité ne garantissent pas une production de fruit. De plus, trop de vent peut provoquer la chute des fleurs. Un climat doux avec des jours calmes et humides est ce qu'il y a de mieux pour les fleurs.

Bergh (1968) a montré que les arbres donnaient plus de fruits quand il y avait des fleurs de différents cultivars d'avocatiers à proximité. Ce n'est pas forcément le cas pour tous les cultivars et pour toutes les années mais cela a été clairement établi. Par exemple, il a prouvé que les avocatiers « fuerte » et « MacArthur », qu'on considère comme autofertiles, ont eu une augmentation de production de 50% une fois qu'ils ont été exposés au pollen d'autres cultivars présents dans le verger.